YAMAPアプリでは夜中に軌跡が移動しているときは、宿泊扱いとしない仕組みなっています。
このため、一時停止をし忘れてしまったときなどは、宿泊日数が少なく表記される場合があります。
前日から翌日にかけて、宿泊地周辺の軌跡（日をまたぐ前後２時間程度）を削除することで、改善されますので、お試しください。
なお、軌跡を編集された場合、元に戻すことができませんので、予めバックアップをお取りいただくことを推奨しています。
今後の対策として、日をまたぐ休憩の際は一時停止にしていただくことで、軌跡が動くのを防止することができるため、ご活用ください。